El intestino no es solo un órgano encargado de la digestión. Es un ecosistema complejo en el que conviven billones de microorganismos que interactúan de forma constante con nuestro organismo.
A este conjunto de bacterias, virus, hongos y otros microorganismos lo conocemos como microbiota intestinal, y su papel va mucho más allá de procesar los alimentos.
Respuesta rápida: la microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos —sobre todo bacterias, pero también virus, hongos y arqueas— que viven en el tubo digestivo, con la mayor densidad en el colon. En una persona de referencia de 70 kg hay unos 38 billones de bacterias, aproximadamente tantas como células humanas, con un peso conjunto de unos 200 gramos [1]. Ayuda a fermentar la fibra y producir ácidos grasos de cadena corta, entrena al sistema inmunitario, protege frente a patógenos y se comunica con el cerebro [2] [3]. Antes se llamaba «flora intestinal», un término hoy en desuso.
| Dato | Cifra | Qué significa |
|---|---|---|
| Bacterias en el cuerpo | ≈ 3,8 × 1013 (38 billones) [1] | La inmensa mayoría vive en el colon |
| Relación con las células humanas | ≈ 1:1 [1] | La cifra de «10 bacterias por cada célula humana» está desfasada |
| Peso aproximado | ≈ 0,2 kg [1] | Menos de lo que suele decirse (no «2 kilos») |
| Genes microbianos | ≈ 3,3 millones, unas 150 veces más que los genes humanos [4] | Explica la gran capacidad metabólica de la microbiota |
| Composición «ideal» | No existe una única [5] | Cada persona tiene un perfil propio y relativamente estable en la edad adulta |
En condiciones normales, la microbiota participa en funciones claves como la digestión, la producción de ciertos compuestos bioactivos, la regulación del sistema inmune o la comunicación con el sistema nervioso. Este equilibrio permite mantener una adecuada salud intestinal y contribuye al funcionamiento del organismo.
Sin embargo, cuando este ecosistema se altera, pueden aparecer disfunciones que afectan no solo al sistema digestivo, sino también a otros sistemas como el metabólico, el inmunológico o incluso el neurológico.
Por eso, entender qué es la microbiota intestinal, cómo funciona y qué factores pueden influir en su equilibrio es fundamental para comprender muchos procesos relacionados con la salud y la enfermedad.
En este artículo analizaremos de forma rigurosa qué es la microbiota intestinal, cuáles son sus funciones y por qué es un elemento clave en el mantenimiento de la salud.
¿Qué es la microbiota intestinal?
La microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos que habitan de forma natural en el tracto digestivo, especialmente en el intestino grueso.
Estos microorganismos incluyen principalmente bacterias, aunque también están presentes virus, hongos y arqueas. Lejos de ser perjudiciales, en condiciones normales mantienen una relación simbiótica con el organismo, contribuyendo a múltiples funciones fisiológicas.
La composición de la microbiota no es igual en todas las personas. Está influida por factores como la genética, la alimentación, el estilo de vida o el entorno, y puede variar a lo largo del tiempo.
Definición de microbiota
El término microbiota hace referencia al conjunto de microorganismos vivos que colonizan un entorno específico del cuerpo humano.
Aunque suele asociarse al intestino, también existe microbiota en otras zonas como la piel, la cavidad oral o el tracto urogenital.
En el caso de la microbiota intestinal, su densidad y diversidad la convierten en uno de los ecosistemas microbianos más complejos del organismo.
Diferencia entre microbiota y microbioma
Aunque a menudo se utilizan como sinónimos, no significan exactamente lo mismo.
- Microbiota: conjunto de microorganismos vivos presentes en un entorno
- Microbioma: concepto más amplio que incluye la microbiota y su «teatro de actividad»: los genes de esos microorganismos, las moléculas que producen y las condiciones del entorno en el que viven [6]. En el lenguaje cotidiano se usa a menudo para referirse solo al conjunto de genes microbianos.
Esta distinción es importante porque el microbioma refleja no solo qué microorganismos están presentes, sino también su capacidad funcional.
Composición de la microbiota intestinal: qué bacterias la forman
La microbiota intestinal está formada por cientos de especies que se agrupan en unos pocos grandes grupos (filos). En adultos sanos predominan dos, Firmicutes (hoy renombrado Bacillota) y Bacteroidetes (Bacteroidota), acompañados por otros minoritarios pero muy relevantes [5]:
| Filo | Géneros conocidos | Papel destacado |
|---|---|---|
| Firmicutes (Bacillota) | Faecalibacterium, Ruminococcus, Lactobacillus | Fermentación de fibra y producción de butirato |
| Bacteroidetes (Bacteroidota) | Bacteroides, Prevotella | Degradación de polisacáridos complejos de origen vegetal |
| Actinobacteria (Actinomycetota) | Bifidobacterium | Muy abundantes en la lactancia; fermentación de oligosacáridos |
| Proteobacteria (Pseudomonadota) | Escherichia | Minoritarias; su aumento se observa a menudo en situaciones de disbiosis |
| Verrucomicrobia (Verrucomicrobiota) | Akkermansia | Relacionada con la capa de moco intestinal |
Es importante no convertir esta tabla en una «lista de bacterias buenas y malas»: la investigación actual subraya que no hay una composición óptima única, sino perfiles sanos distintos según la edad, el entorno, la dieta y el estilo de vida [5].
Cómo se forma la microbiota: de la infancia a la edad adulta
La microbiota empieza a configurarse al nacer y depende del tipo de parto, la lactancia, el destete y la exposición temprana a antibióticos [5]. Un estudio con más de 500 personas de Venezuela, Malawi y Estados Unidos identificó rasgos comunes de maduración funcional durante los tres primeros años de vida, y también grandes diferencias entre países que ya se observan en la infancia y se mantienen en la edad adulta [7]. A partir de entonces, la microbiota es relativamente estable, aunque sigue respondiendo a la dieta, los fármacos y los hábitos.
Dónde se encuentra la microbiota en el cuerpo
La microbiota está distribuida en diferentes partes del organismo, pero no todas tienen la misma relevancia en términos de cantidad y función.
Las principales localizaciones son:
- Intestino (especialmente colon)
- Piel
- Cavidad oral
- Tracto respiratorio
- Tracto urogenital
De todas ellas, la microbiota intestinal es la más abundante y la que mayor impacto tiene sobre la salud general.
- Domina la nutrición clínica y el abordaje integral del paciente con patologías
¿Para qué sirve la microbiota intestinal?
La microbiota intestinal no es un elemento pasivo, sino un sistema activo que participa en múltiples funciones fisiológicas esenciales.
Su papel va mucho más allá de la digestión, influyendo en procesos inmunológicos, metabólicos y neurológicos. De hecho, se considera un auténtico órgano funcional debido a su impacto en el organismo.
Resumen de las funciones de la microbiota intestinal:
| Función | Qué hace | Para saber más |
|---|---|---|
| Digestiva y metabólica | Fermenta la fibra que no digerimos y produce ácidos grasos de cadena corta (butirato, propionato, acetato), que nutren el colon e intervienen en el metabolismo | Más abajo: «Función en la digestión» |
| Inmunitaria | Entrena al sistema inmunitario desde la infancia y ayuda a regular la inflamación | «Relación con el sistema inmune» |
| Barrera protectora | Compite con los patógenos por espacio y nutrientes y refuerza la barrera intestinal | «Impacto en la inflamación» |
| Eje intestino-cerebro | Se comunica con el sistema nervioso a través del nervio vago, el sistema inmune y metabolitos | «Relación con la salud mental» |
| Metabolismo de fármacos y compuestos | Transforma compuestos de la dieta en moléculas activas (por ejemplo, algunos polifenoles) | «Influencia en el metabolismo» |
Función en la digestión
Uno de los roles más conocidos de la microbiota intestinal es su participación en la digestión de ciertos componentes de la dieta.
Algunos nutrientes, como la fibra, no pueden ser digeridos directamente por nuestras enzimas. Es la microbiota la que los fermenta, generando compuestos como los ácidos grasos de cadena corta, que tienen efectos beneficiosos sobre el intestino y el metabolismo.
Además, contribuye a la síntesis de ciertas vitaminas y facilita la absorción de nutrientes.
Relación con el sistema inmune
La microbiota intestinal juega un papel clave en la regulación del sistema inmunitario.
Actúa como una barrera frente a microorganismos patógenos y participa en la maduración y activación de las defensas del organismo. Un equilibrio adecuado ayuda a mantener una respuesta inmune eficiente y controlada.
Por el contrario, las alteraciones en la microbiota pueden favorecer respuestas inflamatorias inadecuadas.
Influencia en el metabolismo
La microbiota también interviene en la regulación del metabolismo energético.
Puede influir en la forma en que el organismo obtiene y utiliza la energía a partir de los alimentos, así como en procesos relacionados con el almacenamiento de grasa o la sensibilidad a la insulina.
Por ello, se ha relacionado con el desarrollo de trastornos metabólicos cuando su equilibrio se ve alterado.
Relación con la salud mental (eje intestino-cerebro)
Existe una comunicación bidireccional entre el intestino y el cerebro, conocida como eje intestino-cerebro.
La microbiota participa en esta comunicación a través de la producción de neurotransmisores, metabolitos y señales que influyen en el sistema nervioso.
Este eje explica por qué factores como el estrés pueden afectar al sistema digestivo y, a su vez, cómo el estado de la microbiota puede influir en el estado de ánimo y la función cognitiva.
Las revisiones más completas describen varias vías de comunicación: el nervio vago, el sistema inmunitario, metabolitos microbianos como los ácidos grasos de cadena corta y la influencia sobre neurotransmisores y hormonas del estrés [3]. Gran parte de la evidencia procede todavía de modelos animales, por lo que conviene ser prudente con las promesas sobre «probióticos para la ansiedad». Lo desarrollamos en eje intestino-cerebro y estado de ánimo y, para la piel, en el eje intestino-piel.
¿Por qué es tan importante la microbiota intestinal para la salud?
La microbiota intestinal es clave porque participa en el equilibrio del organismo a múltiples niveles. Cuando su composición y función se mantienen estables, contribuye a la salud digestiva, inmunológica y metabólica.
Sin embargo, cuando este equilibrio se altera —lo que se conoce como disbiosis— pueden aparecer disfunciones que afectan a diferentes sistemas del cuerpo.
Equilibrio vs. desequilibrio (disbiosis)
En condiciones normales, la microbiota mantiene un equilibrio entre diferentes especies de microorganismos que cumplen funciones específicas.
La disbiosis se produce cuando este equilibrio se rompe, ya sea por una pérdida de diversidad microbiana o por el crecimiento excesivo de ciertas especies.
Este desequilibrio puede contribuir a síntomas como el dolor abdominal, hinchazón o cambios en el ritmo intestinal.
Identificar y tratar este tipo de disbiosis con criterio clínico es precisamente el enfoque del Experto en Microbiota, SIBO y Salud Digestiva de ENFAF.
Si quieres profundizar en los tipos de desequilibrio y cómo se abordan, tienes nuestra guía sobre disbiosis intestinal: tipos, causas y cómo restaurar el equilibrio.
- Aprende a abordar nutricionalmente las patologías digestivas más demandadas por los pacientes.
Cómo afecta a enfermedades digestivas
La microbiota intestinal está estrechamente relacionada con la salud digestiva.
Alteraciones en su composición se han asociado con trastornos como el síndrome del intestino irritable, la diarrea frecuente o el estreñimiento crónico.
En estos casos, la disbiosis puede contribuir a síntomas como dolor abdominal, hinchazón o cambios en el ritmo intestinal.
Relación con enfermedades metabólicas
El papel de la microbiota no se limita al sistema digestivo.
También influye en procesos metabólicos como la regulación de la glucosa, el metabolismo de los lípidos o el almacenamiento energético.
Por ello, se ha relacionado con el desarrollo de enfermedades metabólicas cuando su equilibrio se ve comprometido.
Impacto en la inflamación
La microbiota intestinal desempeña un papel fundamental en la regulación de la inflamación.
Un equilibrio adecuado favorece una respuesta inflamatoria controlada, mientras que la disbiosis puede contribuir a un estado de inflamación crónica de bajo grado.
Este tipo de inflamación se ha vinculado con múltiples patologías, tanto digestivas como sistémicas.
Factores que afectan a la microbiota intestinal
La microbiota intestinal no es estática. Su composición y función pueden modificarse a lo largo del tiempo en respuesta a diferentes factores, especialmente aquellos relacionados con el estilo de vida.
Algunos de estos factores pueden favorecer un equilibrio saludable, mientras que otros pueden alterar este ecosistema y contribuir a la disbiosis.
Alimentación
La dieta es uno de los principales moduladores de la microbiota intestinal.
Una alimentación rica en fibra, vegetales y alimentos poco procesados favorece la diversidad microbiana y la producción de compuestos beneficiosos como los ácidos grasos de cadena corta.
Por el contrario, una dieta alta en ultraprocesados, azúcares y grasas de baja calidad puede reducir la diversidad microbiana y favorecer el crecimiento de especies menos beneficiosas.
Además, los cambios bruscos en la alimentación también pueden alterar temporalmente la microbiota.
La rapidez de esa respuesta está bien documentada: en un estudio de Nature, una dieta exclusivamente animal o vegetal modificó la estructura de la microbiota en apenas cinco días [8]. Y la variedad importa tanto como la cantidad: en el American Gut Project, quienes comían más de 30 tipos de plantas a la semana tenían una microbiota más diversa que quienes comían 10 o menos [9].
Estrés
El estrés influye directamente en el eje intestino-cerebro y puede modificar la composición y actividad de la microbiota.
Situaciones de estrés mantenido pueden alterar la motilidad intestinal, la secreción digestiva y la permeabilidad intestinal, creando un entorno menos favorable para el equilibrio microbiano.
Uso de antibióticos
Los antibióticos son una herramienta fundamental en el tratamiento de infecciones, pero también tienen un impacto significativo sobre la microbiota.
Su uso puede reducir la diversidad bacteriana y eliminar tanto microorganismos patógenos como beneficiosos, lo que puede generar desequilibrios temporales o prolongados.
En adultos sanos que recibieron un ciclo corto de tres antibióticos, la microbiota recuperó una composición cercana a la inicial en torno a 6 semanas, pero 9 especies habituales seguían sin detectarse en la mayoría a los 180 días [10].
Estilo de vida
Otros factores relacionados con el estilo de vida también influyen en la microbiota:
- Nivel de actividad física
- Calidad del sueño
- Consumo de alcohol
- Tabaquismo
Estos elementos, aunque a menudo se subestiman, pueden tener un impacto relevante en el equilibrio del ecosistema intestinal.
¿Qué ocurre cuando la microbiota intestinal está alterada?
Cuando la microbiota intestinal pierde su equilibrio, el impacto no se limita a un cambio en la composición de los microorganismos. Se producen alteraciones funcionales que pueden afectar a la digestión, la absorción de nutrientes, la respuesta inmunitaria y la regulación del tránsito intestinal.
Este desequilibrio, conocido como disbiosis, puede manifestarse a través de diferentes síntomas y problemas asociados.
Síntomas digestivos
Los primeros signos de una microbiota alterada suelen aparecer a nivel digestivo.
Entre los más frecuentes se encuentran:
- Cambios en el ritmo intestinal (diarrea o estreñimiento)
- Sensación de digestión pesada
- Molestias abdominales
Además, es habitual la presencia de hinchazón y gases, derivados de procesos de fermentación alterados.
Problemas asociados
Más allá de los síntomas digestivos, la disbiosis puede estar relacionada con otros problemas de salud.
Se ha asociado con:
- Trastornos digestivos funcionales
- Alteraciones metabólicas
- Disfunciones en el sistema inmunitario
Esto se debe a que la microbiota participa en múltiples procesos fisiológicos que van más allá del intestino.
Señales de alerta
En algunos casos, los síntomas pueden ser más persistentes o intensos, lo que requiere una valoración más profunda.
Es recomendable prestar atención cuando aparecen:
- Síntomas digestivos mantenidos en el tiempo
- Empeoramiento progresivo de la tolerancia digestiva
- Impacto significativo en la calidad de vida
Aunque estos signos no implican necesariamente una patología grave, sí indican que el equilibrio intestinal está comprometido y que es necesario intervenir.
Para reconocer los síntomas con más detalle y diferenciarlos de otras causas, consulta síntomas de microbiota dañada. Si los síntomas son persistentes, otras guías que pueden ayudarte son síndrome del intestino irritable, SIBO, hinchazón abdominal y gases intestinales. Antes de pagar por un análisis, lee qué puede aportar un test de microbiota intestinal.
Cómo mejorar la microbiota intestinal
Mejorar la microbiota intestinal no consiste en aplicar una solución puntual, sino en modificar los factores que regulan su equilibrio de forma sostenida en el tiempo.
El objetivo no es “añadir bacterias”, sino crear un entorno que favorezca una microbiota diversa, estable y funcional.
Por qué cambiar los hábitos funciona
La microbiota responde a estímulos continuos. Por eso, los cambios aislados tienen un impacto limitado si no se mantienen en el tiempo.
Intervenir sobre la alimentación, el estilo de vida y el manejo del estrés permite modificar progresivamente la composición y actividad de este ecosistema.
Importancia de la alimentación
La dieta es el principal modulador de la microbiota.
Priorizar alimentos ricos en fibra y compuestos bioactivos favorece el crecimiento de microorganismos beneficiosos. Esto incluye:
- Frutas y verduras
- Legumbres
- Cereales integrales
- Frutos secos y semillas
Estos alimentos actúan como sustrato para la microbiota, favoreciendo la producción de metabolitos como los ácidos grasos de cadena corta, que contribuyen a la salud intestinal.
Además, incluir alimentos fermentados (como yogur, kéfir o ciertos vegetales fermentados) puede aportar microorganismos que interactúan con la microbiota residente.
Hábitos y estilo de vida
La microbiota también está influida por factores más allá de la alimentación.
Algunos hábitos clave incluyen:
- Mantener una rutina de sueño adecuada
- Realizar actividad física de forma regular
- Gestionar el estrés
- Evitar el uso innecesario de antibióticos
Estos factores contribuyen a crear un entorno interno más estable y favorable para el equilibrio microbiano.
En conjunto, mejorar la microbiota intestinal requiere un enfoque integral, en el que pequeños cambios sostenidos en el tiempo generan un impacto significativo en la salud digestiva y general.
Preguntas frecuentes sobre la microbiota intestinal
¿Qué es la microbiota intestinal en palabras simples?
La microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos que viven en tu intestino y que ayudan a que tu cuerpo funcione correctamente.
Estos microorganismos participan en la digestión, protegen frente a patógenos y contribuyen al equilibrio del sistema inmune.
¿Para qué sirve la microbiota intestinal?
La microbiota intestinal cumple funciones clave en el organismo:
- Ayuda a digerir ciertos alimentos
- Participa en la producción de compuestos beneficiosos
- Regula el sistema inmunitario
- Influye en el metabolismo
- Se comunica con el sistema nervioso
Por eso, su equilibrio es fundamental para la salud general.
¿Cómo saber si tengo la microbiota dañada?
No existe una única prueba sencilla para identificarlo en todos los casos, pero ciertos síntomas pueden indicar un desequilibrio:
- Hinchazón abdominal
- Gases
- Diarrea o estreñimiento
- Molestias digestivas recurrentes
Estos signos sugieren que la microbiota puede no estar funcionando de forma óptima.
¿Qué factores dañan la microbiota intestinal?
Los principales factores que pueden alterar la microbiota incluyen:
- Dietas pobres en fibra y ricas en ultraprocesados
- Estrés crónico
- Uso frecuente de antibióticos
- Falta de sueño
- Sedentarismo
Estos elementos pueden reducir la diversidad microbiana y favorecer la disbiosis.
¿Se puede mejorar la microbiota intestinal?
Sí, la microbiota es un ecosistema dinámico que puede modificarse.
A través de cambios sostenidos en la alimentación y el estilo de vida, es posible mejorar su composición y favorecer un entorno intestinal más saludable.
¿Qué enfermedades están relacionadas con la microbiota?
La microbiota intestinal se ha relacionado con múltiples condiciones de salud, tanto digestivas como sistémicas.
Entre ellas:
- Trastornos digestivos (como síndrome del intestino irritable)
- Alteraciones metabólicas
- Problemas inmunitarios
- Procesos inflamatorios
Esto refleja su papel central en el funcionamiento del organismo.
¿Cuántas bacterias hay en el intestino?
Se estima que el cuerpo de una persona de referencia de 70 kg alberga unos 38 billones de bacterias (3,8 × 1013), casi todas en el colon. Es una cifra del mismo orden que el número de células humanas, no diez veces mayor como se decía antes.
¿Cuánto pesa la microbiota intestinal?
Alrededor de 200 gramos, según las estimaciones más actualizadas. La cifra de «1 o 2 kilos» que circula a menudo está sobrestimada.
¿Microbiota y flora intestinal son lo mismo?
Sí, se refieren a lo mismo. «Flora intestinal» es el término antiguo, de cuando se clasificaba a las bacterias dentro del reino vegetal; hoy el término correcto es microbiota intestinal.
¿Qué diferencia hay entre microbiota y microbioma?
La microbiota son los microorganismos en sí. El microbioma es un concepto más amplio que incluye esos microorganismos, sus genes, las moléculas que producen y el entorno en el que viven.
¿Dónde se encuentra la microbiota intestinal?
A lo largo de todo el tubo digestivo, pero su densidad aumenta de forma progresiva hacia el final: el colon concentra la gran mayoría de los microorganismos, mientras que el estómago y el intestino delgado tienen muchos menos.
¿Qué enfermedades se relacionan con la microbiota intestinal?
Se han descrito alteraciones de la microbiota en trastornos digestivos (síndrome del intestino irritable, enfermedad inflamatoria intestinal), metabólicos (obesidad, diabetes tipo 2), inmunitarios y de la salud mental. En la mayoría de los casos se trata de asociaciones: todavía no está claro qué es causa y qué es consecuencia.
Publicación revisada por:
Doctora en Ciencias del Deporte, especializada en ejercicio, envejecimiento y salud cardiovascular con enfoque en salud femenina.
Referencias bibliográficas
- Sender R, Fuchs S, Milo R. Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body. PLoS Biol. 2016;14(8):e1002533. undefined
- Valdes AM, Walter J, Segal E, Spector TD. Role of the gut microbiota in nutrition and health. BMJ. 2018;361:k2179. undefined
- Cryan JF, O’Riordan KJ, Cowan CSM, Sandhu KV, Bastiaanssen TFS, Boehme M, et al. The microbiota-gut-brain axis. Physiol Rev. 2019;99(4):1877-2013. undefined
- Qin J, Li R, Raes J, Arumugam M, Burgdorf KS, Manichanh C, et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010;464(7285):59-65. undefined
- Rinninella E, Raoul P, Cintoni M, Franceschi F, Miggiano GAD, Gasbarrini A, Mele MC. What is the healthy gut microbiota composition? A changing ecosystem across age, environment, diet, and diseases. Microorganisms. 2019;7(1):14. undefined
- Berg G, Rybakova D, Fischer D, Cernava T, Vergès MC, Charles T, et al. Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges. Microbiome. 2020;8(1):103. undefined
- Yatsunenko T, Rey FE, Manary MJ, Trehan I, Dominguez-Bello MG, Contreras M, et al. Human gut microbiome viewed across age and geography. Nature. 2012;486(7402):222-227. undefined
- David LA, Maurice CF, Carmody RN, Gootenberg DB, Button JE, Wolfe BE, et al. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature. 2014;505(7484):559-563. undefined
- McDonald D, Hyde E, Debelius JW, Morton JT, Gonzalez A, Ackermann G, et al. American Gut: an open platform for citizen science microbiome research. mSystems. 2018;3(3):e00031-18. undefined
- Palleja A, Mikkelsen KH, Forslund SK, Kashani A, Allin KH, Nielsen T, et al. Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure. Nat Microbiol. 2018;3(11):1255-1265. undefined
